Neo, Morpheus, Trinity y el resto de la tripulación continúan en la lucha contra las máquinas que han esclavizado a la raza humana. Ahora más humanos han sido despertados e intentan vivir en el mundo...
Cuando Edna, la matriarca anciana y viuda de la familia, desaparece, su hija y su nieta viajan a la remota casa familiar para encontrarla. Poco después de su regreso, comienzan a descubrir una presencia siniestra...